Il porto di San Nicola, situato all’estremo sud-ovest dell’isola è costituito da una piccola insenatura protetta a sud-est da un moletto della lunghezza approssimativa di 80 m ed a nord-ovest, da uno ancora più corto. Essendo uno dei pochi approdi delle Isole Tremiti, a causa delle piccole dimensioni, offre un numero di posti assai limitato ed unicamente per imbarcazioni di piccole dimensioni. All’interno dell’area portuale non è presente il distributore di carburante tuttavia viene offerta ai diportisti la possibilità di ordinare il carburante per rifornire le proprie imbarcazioni.

Oltre al porticciolo di S. Nicola, presso le Isole Tremiti è possibile ormeggiare nei gavitelli predisposti nei campi boe:

1. Campo boe A – Specchio acqueo compreso tra l’isola di San Nicola e lo scoglio del Cretaccio;
2. Campo boe B – Specchio acqueo antistante Cala delle Arene di San Domino.

Le imbarcazioni che desiderano attraccare nelle suddette aree dovranno, almeno 30 minuti prima dell’arrivo in zona, richiedere l’autorizzazione alla Delegazione di Spiaggia di Isole Tremiti o alla Capitaneria di Porto di Termoli, con chiamata via radio VHF ch.16.